[Verse 1] Deux séquences côte à côte, je compte chaque plaie, Insertion, délétion, substitution, l'addition ne ment jamais, La distance d'édition se construit case par case, Une matrice qui se remplit, chaque diagonale a sa trace, Needleman-Wunsch relie les bords, du début jusqu'à la fin, Global comme un fleuve entier qui suit son seul chemin, Smith-Waterman lui cherche l'îlot, la niche locale et forte, Il ignore les eaux plates, ne garde que ce qui rapporte. [Chorus] Ouvre la brèche, étends la brèche, Gotoh nous l'apprend, Une pénalité d'ouverture, une autre qui s'étend, Traceback, remonte la flèche, retrouve le chemin, Global, local, semi-global, trois cousins de la même main, Aligne, compare, recule, avance encore une fois, La dynamique programmée nous rend enfin le score qui pèse son poids. [Verse 2] La matrice de substitution pèse chaque paire de lettres, BLOSUM, PAM, chacune a son histoire à connaître, Karlin-Altschul calcule si ton score est un hasard ou pas, La E-value chuchote combien de fois ça arriverait sans effort, BLAST ne compare pas tout, il sème d'abord des graines, Des k-mers exacts, des mots courts qui plantent leur antenne, Puis il étend à gauche à droite, tant que le score progresse, Taille de mot, seuil, extension : la vitesse est la promesse. [Chorus] Ouvre la brèche, étends la brèche, Gotoh nous l'apprend, Une pénalité d'ouverture, une autre qui s'étend, Traceback, remonte la flèche, retrouve le chemin, Global, local, semi-global, trois cousins de la même main, Aligne, compare, recule, avance encore une fois, La dynamique programmée nous rend enfin le score qui pèse son poids. [Verse 3] Pour aligner plusieurs séquences, Clustal trace un arbre d'abord, Progressif, il aligne deux par deux puis assemble encore et encore, MAFFT, MUSCLE itèrent, ils raffinent leur brouillon, T-Coffee, signé Notredame, mélange les avis en un seul jugement, Cohérence entre les méthodes, chaque colonne est votée, On nettoie, on rogne les bords, les zones mal notées. [Verse 4] Le tableau de suffixes trie tous les commencements possibles, La transformée de Burrows-Wheeler réarrange, presque invisible, Comme un palimpseste, un texte gratté puis réécrit en dessous, L'ordre change mais l'info reste, tapie dans le remous, L'index FM permet de chercher sans jamais dérouler, Recherche arrière, lettre après lettre, vers l'origine on remonte, Minimiseurs choisissent le plus petit k-mer dans la fenêtre, Minimap2 chaîne les graines, trace un fil, ligne après ligne. [Bridge] L'épissage coupe l'ARN, saute les introns sans faillir, BWA-MEM, Bowtie2 cartographient sans jamais faiblir, MAPQ nous dit la confiance, répétitions brouillent la carte, Bismark, bwa-meth lisent le bisulfite, où la cytosine s'écarte, Puis on trie, on marque les doublons, on recalibre les bases, BQSR ajuste l'erreur, réaligne autour des impasses.
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