[Verse 1]
Terminal ouvert, le curseur qui cligne,
Je navigue les dossiers, ls et cd en ligne,
Le tube entre deux commandes, c'est le fil qui relie,
Grep chasse le motif, awk découpe la partie,
Sed corrige à la volée, sort remet dans l'ordre,
Uniq vire les doublons qui trainent sur le bord,
Cut tranche les colonnes, join marie les fichiers,
Xargs lance en cascade, parallel sur plusieurs piliers,
Rediriger le flux, le chevron qui pointe et range,
Chaque octet a sa place, rien ne se mélange.
[Chorus]
Bash, conda, Git, Docker, retiens la formule,
Quatre piliers debout, mon labo qui circule,
Reproductible ou rien, j'écris chaque étape,
Semaine zéro posée, avant que la science échappe.
[Verse 2]
Mamba plus rapide que conda pour résoudre,
Canal Bioconda ouvert, les paquets viennent se coudre,
Samtools, bcftools, bedtools dans le même sac,
Seqkit et biopython, j'installe et je tag,
J'exporte en yaml, la recette est figée,
N'importe où sur le cluster, le décor est rejoué,
Environnement virtuel Python, isolé du reste,
Renv pour R fait pareil, chaque projet a son geste.
[Verse 3]
Docker empaquette l'image, un monde dans une boîte,
Apptainer prend le relais quand la grappe est adroite,
Norme sur les clusters, la sécurité d'abord,
Singularity son ancien nom, même corps, autre bord,
Git trace chaque pas, commit après commit,
GitHub, GitLab hébergent, le README explicite,
Historique gravé, rien ne se perd en route,
Collaborer sans friction, la branche épouse le doute.
[Chorus]
Bash, conda, Git, Docker, retiens la formule,
Quatre piliers debout, mon labo qui circule,
Reproductible ou rien, j'écris chaque étape,
Semaine zéro posée, avant que la science échappe.
[Verse 4]
SLURM distribue les tâches sur la grappe qui bosse,
Sbatch envoie le job, la queue n'est jamais trop grosse,
L'IFB en France ouvre ses plateformes régionales,
Mésocentres universitaires, ressources cordiales,
Calcul Québec au nord, l'Alliance nationale,
Le cloud stocke et calcule, la facture est frontale,
Jupyter pour explorer, Quarto pour raconter,
Script pour répéter, workflow pour orchestrer.
[Bridge]
Compte les lectures du fastq, zcat qui déballe,
Un tube vers wc moins l, divise par quatre, ça s'étale,
Init ton dépôt Git, ajoute ton README,
Commit, push, respire — la base est bien posée.
[Outro]
Terminal, conteneur, dépôt, ordonnanceur,
Semaine zéro gravée dans le moniteur,
Reproductible, propre, avant d'ouvrir l'ADN,
Le code est la paillasse, computationnel amen.
[Chorus]
Bash, conda, Git, Docker, retiens la formule,
Quatre piliers debout, mon labo qui circule,
Reproductible ou rien, j'écris chaque étape,
Semaine zéro posée, avant que la science échappe,
Et quand le pipeline tourne, la mémoire ne trahit pas,
Chaque script daté, chaque version garde son pas.