[Verse 1] Seqkit tranche le FASTA comme un couteau bien aiguisé, Seqtk trie les reads, pyfaidx les indexe sans fatiguer, Biopython dans la boucle, mon script tourne en Python pur, FastQC scanne le run, MultiQC compile la sculpture, Fastp nettoie les adaptateurs, coupe le bruit sans détour, NanoPlot lit le long-read, Trimmomatic taille les contours, Cutadapt rase les queues, le signal sort propre et sûr, BWA-MEM2 aligne court, Bowtie2 suit la même allure, Minimap2 pour les longs, BLAST+ cherche la ressemblance, MAFFT superpose les séquences, aligne toute la distance. [Chorus] Seqkit, seqtk, Biopython, pyfaidx, la base du terrain, FastQC, fastp, MultiQC, le contrôle avant demain, BWA, Bowtie, minimap, BLAST, MAFFT, l'alignement gagne, Samtools trie le BAM, retiens l'annexe, c'est la campagne. [Verse 2] Samtools trie, indexe, filtre, pysam pilote en coulisse, Picard marque les doublons, mosdepth calcule la notice, Bedtools croise les intervalles, intersect comme un juge, Pybedtools en Python, pyranges garde le même refuge, GATK appelle les variants, bcftools filtre la matière, DeepVariant en réseau, Clair3 lit le nanopore entière, FreeBayes bayésien scanne, Mutect2 chasse la tumeur, Chaque outil a sa fenêtre, chaque script a sa lueur. [Chorus] Seqkit, seqtk, Biopython, pyfaidx, la base du terrain, FastQC, fastp, MultiQC, le contrôle avant demain, BWA, Bowtie, minimap, BLAST, MAFFT, l'alignement gagne, Samtools trie le BAM, retiens l'annexe, c'est la campagne. [Verse 3] Manta détecte les cassures, Delly traque les délétions, Sniffles2 dort dans les longs reads, CNVkit compte les répétitions, VEP annote le variant, SnpEff décode la fonction, ANNOVAR croise les bases, chaque ligne a sa jonction, SPAdes assemble le microbe, hifiasm sculpte le génome entier, Flye referme les contigs, QUAST juge sans tricher, BUSCO vérifie les gènes, Merqury pèse la justesse, PLINK deux calcule les traits, msprime simule la vitesse, Tskit garde l'arbre généalogique, scikit-allel lit les fréquences, REGENIE lance la régression sur des millions de séquences. [Bridge] IQ-TREE et RAxML-NG posent les branches sans trembler, PhyML calcule la vraisemblance, BEAST date le passé, Bismark lit la méthylation, MACS3 cherche les pics, DeepTools trace la couverture, HOMER cherche les motifs, MEME Suite affine les sceaux, cooler cartographie la boucle, Kraken2 classe les espèces, MetaPhlAn trie sans qu'on doute, MetaBAT2 regroupe les génomes, CheckM2 juge la qualité. [Verse 4] IGV montre la piste, UCSC ouvre l'horizon du browser, JBrowse deux tourne en ligne, matplotlib trace sans forcer, Ggplot2 peint les données, ligne claire et sans bavure, Snakemake enchaîne les règles, Nextflow suit la structure, Nf-core standardise les pipelines, Galaxy ouvre à tous les niveaux, Chaque outil dans l'annexe, retiens le nom, garde le beau.
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