[Verse 1] Seqkit, seqtk, Biopython, pyfaidx, mes séquences filent bien rangées, FastQC scanne, MultiQC résume, fastp nettoie sans laisser de trace, NanoPlot lit les longs, Trimmomatic et Cutadapt taillent l'adaptateur, Qualité d'abord, le reste attend, c'est la loi du bon codeur. [Chorus] Utilitaires, qualité, alignement, la base du raisonnement, Variants, structure, annotation, la carte du chromosome vivant, Assemblage, popgen, phylogénie, l'arbre qui pousse en silence, Épigénome, méta, visuel, workflow, retiens le refrain, avance. [Verse 2] BWA-MEM2 tranche, Bowtie2 galope, minimap2 cueille le long lu, BLAST traque l'homologue, MAFFT aligne en chœur, rien n'est perdu, Samtools trie, pysam programme, Picard marque, mosdepth jauge la couche, Bedtools croise les intervalles, pybedtools, pyranges, la zone se touche. [Chorus] Utilitaires, qualité, alignement, la base du raisonnement, Variants, structure, annotation, la carte du chromosome vivant, Assemblage, popgen, phylogénie, l'arbre qui pousse en silence, Épigénome, méta, visuel, workflow, retiens le refrain, avance. [Verse 3] GATK et bcftools filtrent, DeepVariant, Clair3 pensent en réseau, FreeBayes calcule en bayésien, Mutect2 chasse la tumeur au berceau, Manta, Delly cassent la structure, Sniffles2 renifle le long brin, CNVkit compte les copies en trop, VEP, SnpEff, ANNOVAR traduisent le grain. [Bridge] SPAdes, hifiasm, Flye assemblent, QUAST juge, BUSCO vérifie, Merqury note, PLINK deux, msprime, tskit, scikit-allel, REGENIE, la population se dévote, IQ-TREE, RAxML-NG, PhyML, BEAST bâtissent l'horloge du temps qui vote, Bismark, MACS3, deepTools, HOMER, MEME Suite tissent la trame qui dénote, Cooler range les contacts en boucle, un palimpseste où le génome se récrit et se corrode, Kraken2, MetaPhlAn, MetaBAT2, CheckM2 démêlent le microbiote sans zone trouble, IGV, UCSC, JBrowse, matplotlib rendent le chromosome lisible et docile, Snakemake, Nextflow, Galaxy enchaînent le flux, jamais fragile. [Verse 4] STAR épissure l'ARN, Salmon quantifie sans même aligner le grain, DESeq2, edgeR comparent les comptes, limma trace le signal certain, Cell Ranger trie les cellules seules, Scanpy et Seurat dessinent l'essaim, Chaque outil sa niche, chaque script sa strophe, la bio-info n'a pas de fin. [Chorus] Utilitaires, qualité, alignement, la base du raisonnement, Variants, structure, annotation, la carte du chromosome vivant, Assemblage, popgen, phylogénie, l'arbre qui pousse en silence, Épigénome, méta, visuel, workflow, retiens le refrain, avance. [Outro] De seqkit à Nextflow, la chaîne entière est bouclée, Vérifie les versions, la science est mouvante, jamais figée, L'ADN pour les biologistes, cette annexe reste gravée, Un aréopage d'outils, conseil savant, pour la route bien tracée.
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