[Verse 1] Snakemake trace les règles, chaque fichier a sa flèche Nextflow fait couler les tâches comme l'eau dans la crèche nf-core te donne le moule, des pipelines déjà testés WDL et Cromwell, ton contrat bien attesté Et pour ceux qui codent pas, Galaxy ouvre la porte Un clic, un glisser, l'analyse se transporte Pas besoin d'être un sorcier du terminal qui gronde La science reproductible doit parler à tout le monde [Chorus] Snakemake, Nextflow, Galaxy, Cromwell Reproductible, c'est la règle, c'est l'appel Teste ton code, profile ta mémoire FAIR et CNIL gardent nos données au grand soir De FASTQ au rapport, on trace chaque étape Le pipeline propre, jamais il n'échappe [Verse 2] Un test unitaire avant que le code ne s'envole Petit jeu de données, la vérité qui console L'intégration continue surveille chaque commit Si ça casse à trois heures, la machine te le dit Streaming ou mémoire, choisis selon la charge Profile avant de coder, sinon l'ordi surcharge Parallélise, vectorise, gagne le temps qui compte Et si Python s'essouffle, le Rust ou le C remonte Les liaisons htslib, rapides comme l'éclair Tout doit rester idoine — un mot qui dit juste ajusté, ni trop ni de travers [Chorus] [Verse 3] FAIR : trouvable, accessible, interopérable, réutilisable Un plan de gestion des données, jamais négociable SRA, ENA, dbGaP, EGA, GEO Des dépôts publics où le génome trouve son écho Mais l'humain à accès contrôlé, c'est un autre chapitre Consentement, confidentialité, risque de réidentifier vite Donnée sensible dit le RGPD en Europe La CNIL veille en France, aucune fuite qui échappe Au Québec la Loi vingt-cinq protège le renseignement Le respect du sujet passe avant le rendement [Bridge] Choisis ton projet, cinq chemins t'attendent : Chaîne germinale clinique, un VCF qui se défend Génome bactérien, résistance et gène mobile Populations qui migrent, sélection qui distille ATAC et ChIP-seq, motifs qui s'entrelacent Cancer, signatures mutationnelles, clones qui prennent leur place Conteneurise, rapporte, montre sur IGV JBrowse, UCSC, ta preuve est archivée [Verse 4] Docker ou Singularity, l'environnement figé Aucune surprise au serveur, le code n'a pas changé Conda gère les versions, le lockfile est ta mémoire Un an plus tard, ça tourne encore, c'est la victoire Documente ton README, explique chaque paramètre Un collègue perdu doit pouvoir tout remettre La science qui s'isole finit par disparaître Le code partagé, c'est la lampe qui persiste GitHub, Zenodo, un DOI pour ton dépôt Ta découverte survivra bien après le mot [Chorus] [Outro] Trente semaines de route, le projet est bouclé Reproductible, solide, le savoir est scellé Snakemake, Nextflow, la rigueur qui persiste C'est ton nom sur le pipeline, la légende existe
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